蝙蝠会告诉我们哪个新冠病毒更古老吗?

2020-07-05 10:45:33 新闻来源:网络
一篇关于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)群体遗传学的论文发表在"美国科学院学报"[1]上。PeterForster等人从德国法医遗传学研究所和其他单位分析了该病毒的基因组序列。结果表明,东亚以病毒为主的病毒群并不是最古老的。一些媒体将其解释为起源于美国和澳大利亚的新型冠状病毒。本文试图从学术角度探讨这篇论文的数据代表性和分析方法可能存在的问题。
 
 
 
在这篇论文的唯一图片中,Forster等人展示了新型冠状病毒的单倍型网络(单倍型网络图)。他们将新型冠状病毒分为三组:A组、B组和C组(用红色圆圈标记的字母表示)。他们发现东亚的大多数病毒样本属于B组,而欧洲、美国和澳大利亚的样本大多是A组,他们还将蝙蝠携带的冠状病毒序列(RaTG 13)[2]放在单倍型网络中,并将其与这三组的新冠状病毒进行比较。他们发现A组在序列中最接近RaTG 13。蝙蝠被科学界广泛接受为冠状病毒的天然宿主之一,因此作者认为A群新型冠状病毒更古老。
 
单体型网络分析是一种基于基因序列推测进化关系的方法。在这个图中,每个节点都是一个病毒序列,节点越大,测序样本中病毒序列的数量就越多,节点内的饼图反映了样本的国家或区域来源的比例,节点之间的连接长度反映了从一个序列进化到另一个序列所需的突变数量。
福斯特等人将来自世界各地的新型冠状病毒分为三类,这是正确的分类吗?
 
在回答这个问题之前,不妨先看看中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心绘制的单倍型网络。该中心提供的最新数据如下图所示。
 
从国家基因组科学数据中心(NationalGenome Science Data Center)看,图的底部显示了病毒的取样时间。记录于2020年4月11日。
 
国家基因组科学数据中心的单倍型网络比Forster等人详细得多,更重要的是,该网络可以根据采样时间显示单倍型网络模型的急剧变化。目前的单体型网络与Forster等人有很大的不同。这并不令人惊讶,因为Forster等人的文章发表了(2020年4月8日,大约有4800个新的冠状病毒基因组序列),GISAID数据库,而Forster等人只分析了其中的4800个(约3%)[1]。甚至在3月17日,当这篇文章提交审查时,就有800多个GISAID数据库(其中不到20%被Forster等人分析过),更不用说在文章被修复和正式发布之前更新数据的机会了。
 
 
 
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